La dernière guerre a ravagé le monde, ne laissant derrière elle que quarante mille survivants. Ils ont trouvé refuge dans les tunnels du Métro de Moscou.
Deux décennies après l’apocalypse nucléaire, ces derniers sont toujours barricadés dans les souterrains pour se protéger de la surface de la Terre, empoisonnée par des retombées radioactives et grouillante de monstres mutants. C’est ici, dans les catacombes du Métro, qu’une nouvelle civilisation a vu le jour.
Mais une nouvelle menace approche, et le dernier refuge de l’humanité est mis en péril. Son destin repose entre les mains d’un jeune homme, Artyom.
Une pandémie à l’origine inconnue se propage dans les tunnels du Métro. Dans un monde sans médecine où le chamanisme se développe, les survivants peuvent difficilement empêcher ce virus mortel de se propager.
Les habitants du Métro ont reçu l’ordre de sauver ceux qu’ils pouvaient, et de supprimer tous ceux qui représentent un risque.
Pourtant, une fille née dans une zone éloignée des tunnels est prête à se révolter. Cette jeune fille s’appelle Sasha.
Deux ans après avoir sauvé les habitants du Métro d’une grande menace, Artyom n’a pas perdu espoir : il veut guider les survivants vers la surface de la Terre et trouver un nouveau foyer.
Chaque jour, il s’aventure hors du Métro pour analyser les ondes radio, absorbant une nouvelle dose de radiation à chaque minute passée en dehors des tunnels.
Un jour, il entend la voix d’un homme qui aurait retrouvé d’autres survivants. Pour le trouver, Artyom se lance dans une dernière aventure à travers les tunnels du Métro. Il fera alors des découvertes qui changeront définitivement sa vision du monde.